3) Corriger le décalage entre les coupes (Slice Timing)



a) Pourquoi?

Lors d'une acquisition fonctionnelle, les différentes coupes d'un même volume ne sont pas acquises simultanément, mais successivement pendant une durée égale au temps de répétition TR. SPM2 se propose de corriger ce décalage lors du prétraitement des images. Lors des analyses statistiques, on pourra considérer alors que toutes les coupes d'un même volume ont été acquises en même temps.

Remarque 1 : Du fait de l'étape d'interpolation temporelles, les dernières images ne sont pas tout à fait correctes; il est donc conseillé d'éliminer, après avoir effectué le slice timing les deux dernières images.
Remarque 2 : Plus le TR est long, plus le décalage entre les coupes pose problème. En pratique, il est conseillé de ne pas faire d'opération de slice Timing pour un TR> 3 sec.

b) Quand effectuer cette opération?

-Si les coupes de chaque volume on été acquises en mode séquentiel, il faut d'abord effectuer une corection de mouvement puis un slice timing.
-Si les coupes de chaque volume on été acquises en mode entrelacé, il faut d'abord faire un slice timing puis une correction de mouvement.

c) Comment?

-Dans la fenêtre en haut à gauche de SPM2 cliquer sur "Slice Timing" comme suit


-Remplir les informations concernant les images dans la fenêtre en bas à gauche :

          -Number of subject/sessions : Entrer le nombre de sessions d'acquisitions que vous voulez traiter (chez 1 ou plusieurs sujets).Chacune de ces sessions sera traitée indépendamment des autres.

          -Choisir les images fonctionnelles auxquelles vous voulez appliquer le slice timing (Attention, il faut que ces images aient les même caractéristiques géométriques : taille de la matrice et nombre de coupes!!)

          -Un menu déroulant apparait et vous demande de rentrer l'ordre dans lequel les coupes ont été acquises.

          -SPM2 vous demande ensuite de sélectionner le numéro de coupe de chaque volume qui servira de référence. SPM2 propose par défaut la coupe située au milieu des volumes (Il est conseillé par les créateurs de SPM de ne pas modifier ce chiffre).

          -Rentrer ensuite le TR d'acquisition de volumes (c'est à dire le temps d'acquisition de chaque volume)

          -Spm demande ensuite le temps d'acquisition, c'est à dire le temps entre la fin de la première coupe et le début de la dernière pour un volume. SPM2 calcule automatiquement cette valeur par la formule : TA=TR-TR/N (N= nombre de coupes dans un volume). Cette valeur est à modifier uniquement si il y a un délai entre deux coupes consécutives.

SPM2 traite ensuite les images et sauvegarde les images corrigées sous formes d'autres fichiers ayant le même nom mais avec un "a" en plus devant. Les traitements ultérieurs se feront donc avec ces nouvelles images.